Початки церкви сягають чотирнадцятого століття, коли князь Януш Старший разом з лікарнею заснував дерев'яну церкву. Храм був зруйнований під час шведського потопу. У 1671 році король Ян Казимир передав руїни та прилеглі землі отцям паулінам як вираз вдячності за оборону Ясни Гури. Приблизно в 1682 році ченці побудували на цьому місці цегляну будівлю монастиря, в якому була створена лікарня Святого Духа.
Церква була зведена в 1707-1717 роках за проєктом Юзефа Шимона Белотті і Юзефа Пяоли в стилі бароко. У 1807 році монастир захопила армія Наполеона Бонапарта – в ньому облаштували склад і казарми. У 1819 році згромадження було розпущено, церква передана Братству святого Бенно, а існуючий госпіталь Святого Духа перенесено на вулицю Пширинека. У 1845 році до храму прибудували сходи, а в 1863 році перед церквою поставили скульптуру Пресвятої Богородиці.
Під час Варшавського повстання церква була частково зруйнована. У 1949 році отці пауліни повернулися до Варшави і з їхньої ініціативи костел був перебудований. Реставрація храму була завершена в 1956 році. Щороку з костелу Святого Духа вирушає варшавське паломництво до Ченстохови.
Począ tki koś cioł a się gają XIV wieku, kiedy ksią ż ę Janusz Starszy ufundował drewniany koś ció ł wraz ze szpitalem. Ś wią tynia został a zniszczona podczas potopu szwedzkiego. W 1671 roku kró l Jan Kazimierz przekazał ruiny i okoliczne tereny ojcom paulinom w dowó d wdzię cznoś ci za obronę Jasnej Gó ry. Okoł o 1682 roku zakonnicy wznieś li w tym miejscu murowany budynek klasztorny, w któ rym powstał szpital Ducha Ś wię tego. Koś ció ł został wzniesiony w latach 1707-1717 wedł ug projektu Jó zefa Szymona Belottiego i Jó zefa Piaoli w stylu barokowym. W 1807 roku klasztor został zdobyty przez wojska Napoleona Bonaparte – wyposaż ono go w magazyn i koszary. W 1819 roku zgromadzenie został o skasowane, koś ció ł przekazany Bractwu ś w. Benona, a istnieją cy szpital Ducha Ś wię tego przeniesiono na ulicę Przyrynek. W 1845 roku do koś cioł a dobudowano schody, a w 1863 roku przed koś cioł em ustawiono rzeź bę Najś wię tszej Marii Panny.
Podczas Powstania Warszawskiego koś ció ł został czę ś ciowo zniszczony. W 1949 roku ojcowie paulini powró cili do Warszawy i z ich inicjatywy koś ció ł został odbudowany. Renowację koś cioł a ukoń czono w 1956 roku. Z koś cioł a Ducha Ś wię tego co roku wyrusza pielgrzymka z Warszawy do Czę stochowy.