Muzeum Benaki zostało otwarte w 1930 roku w dawnym domu rodzinnym przez Antonisa Benakisa (1873-1954), potomka szacownej rodziny greckiej, która w tym czasie mieszkała w egipskiej Aleksandrii. Podstawą ekspozycji muzealnej była jego imponująca kolekcja sztuki, którą Benakis zaczął gromadzić w Egipcie, a później przekazał państwu greckiemu. Kolekcja Benakisa stała się pierwszym prywatnym muzeum w Grecji.
Ekspozycja rozpoczyna się od rzeźb z V wieku p.n.e. Na drugim piętrze znajdują się cenne znaleziska z wysp greckich i Azji Mniejszej. Przedmioty sztuki użytkowej zajmują trzecie piętro, gdzie można zobaczyć biżuterię, rzeźby w drewnie, ceramikę oraz dużą kolekcję strojów greckich. Ponadto znajdują się tu dekoracje mykeńskie, duża liczba przedmiotów kultowych, takich jak wczesna ewangelia, naczynia kościelne i kilka wspaniałych ikon.Jednym z najcenniejszych eksponatów jest biurko Lorda Byrona. Kolejnym eksponatem jest wyposażenie sali do przyjmowania gości z egipskiego pałacu z XVII wieku. Tutaj można zobaczyć jeden z najwcześniejszych obrazów olejnych (III wiek) - portret młodego mężczyzny na płótnie, wykonany przez egipskiego artystę. Na czwartym piętrze znajduje się dzieło El Greco.

Sam budynek muzeum jest jednym z najpiękniejszych neoklasycznych budynków w Atenach. Na jej najwyższym piętrze znajduje się kawiarnia z niesamowitymi widokami na pobliskie Ogrody Narodowe.