Muzeum Archeologiczne mieści się na dwóch piętrach pięknej, czteropiętrowej rezydencji w centrum zabytkowego Casco Viejo w Bilbao. W zbiorach muzeum znajduje się ponad 2000 obiektów, z których większość została odnaleziona podczas wykopalisk w prowincji Biskaj.
Pierwsze piętro poświęcone jest okresowi od zasiedlenia Kraju Basków do średniowiecza. Przedstawia historię powstawania i ulepszania narzędzi, artykułów gospodarstwa domowego, akcesoriów myśliwskich i wędkarskich oraz dekoracji wnętrz. „Perłą” ekspozycji jest częściowo odrestaurowany prehistoryczny statek, na którym łowili starożytni mieszkańcy Biskajskiej.
Drugie piętro przeznaczone jest na ekspozycję eksponatów od średniowiecza do okresu nowożytnego. Na uwagę zasługuje pokaźna kolekcja ceramiki, w tym ogromne amfory do przechowywania oliwy z oliwek.