W centrum Ayia Napa znajduje się starożytny klasztor. Według jednej wersji, w jaskini, w której obecnie znajduje się kościół, myśliwy znalazł cudowną ikonę Najświętszej Bogurodzicy. Pies myśliwego jako pierwszy zauważył świecącą ikonę i zatrzymując się przed nią, zaczął uporczywie szczekać, przyciągając uwagę właściciela. Dowiedziawszy się o odkryciu ikony, liczni wierzący zaczęli odwiedzać święte miejsce w jaskini. Ikona prawdopodobnie została umieszczona w jaskini w okresie ikonoklazmu (VII-VIII wne) i dzięki temu została uratowana. W XIV wieku dobudowano jaskinię i tym samym powstał kościół klasztorny.

Jaskinia, skrytka i źródło świadczą o istnieniu wspólnoty chrześcijańskiej od czasów bizantyjskich. Nazwa „Ayia Napa” została wymieniona po raz pierwszy w 1366 roku, ale według dostępnych danych została zastosowana do tego obszaru wcześniej. Klasztor w obecnej formie został założony w XV wieku podczas panowania weneckiego na Cyprze.

Obecnie klasztor działa tylko jako muzeum. Codzienne nabożeństwa Greckiego Kościoła Prawosławnego odbywają się w nowym kościele wybudowanym 50 metrów od klasztoru.